فرایند تأسیس علوم انسانی اسلامی دارای هشت مرحله است که باید طی شود. 
گام اول برای تأسیس علوم انسانی اسلامی آگاهی از آخرین نظریه‌های علوم انسانی مدرن است، یعنی اگر کسی بخواهد در حوزه جامعه‌شناسی، اقتصاد، مدیریت و ... نظریه‌پردازی کند و نظریه اسلامی بدهد، بدون آگاهی از آخرین نظریات موفق نخواهد بود. مدلی که در دانشگاه امام صادق(علیه‌السلام) راه‌اندازی شده و دانشجو طی آن علاوه بر معارف اسلامی با نظریات غربی نیز آشنا می‌شود و با منابع آن‌ها مواجهه پیدا می‌کند، مدل دقیقی است. معتقدم مدل موسسه امام خمینی(رحمه‌الله‌علیه) و این دانشگاه مدل دقیقی است.
گام دوم، نقد سطحی به این نظریه‌هاست. نقد سطحی یعنی صرف‌نظر از اینکه مبانی و روش اصلاح چیست، نقدی انجام شود؛ مثلاً اینکه نظریه‌ فروید و نوفرویدی‌ها در حوزه روانکاوی با مبانی انسان‌شناسی‌ای که داشتند، نقد دقیق بشود. از طرف دیگر در حوزه‌های اقتصاد با همان مبانی نوکلاسیک که رالز مطرح کرده، آیا این نظریه مستنتج از آن پارادایم هست یا نیست؟
گام سوم، تهذیب این نظریه‌هاست؛ همان کاری که نخستین بار «سید محمد نقیب العطاس» ارائه کرد. خیلی‌ها این کار را انجام می‌دهند و مثلاً می‌گویند بخشی از نظریه فروید و رالز را می‌توان تهذیب و اصلاح کرد؛ مثلاً مدلی که در نظام تقنینی ماست، نظام تهذیبی است، به‌عنوان نمونه ما نظام بانکداری را از غرب گرفتیم و شورای فقهای بانک مرکزی تهذیب‌هایی انجام دادند تا شکل ربوی آن حل شود.
گام چهارم، استکشاف مبانی نظریه است. من بیش از یکصد کتاب را در باب نظریه‌های علوم اجتماعی که اساتید فن مورد قبول در این رشته نوشته‌اند، مطالعه کرده‌ام و هیچ‌یک از آن‌ها به مبانی نظریه اشاره نکرده‌اند. به نظرم گام چهارم آن است که مبانی نظریه‌ها کشف و شناخته شود.
گام پنجم، نقد عمقی‌تر بر نظریه‌هاست، یعنی نقد مبانی‌ای که در گام چهارم کشف شده و جایگزین مبانی اسلامی در نظریه است. گام ششم که از گام چهارم نیز مهم‌تر است، کشف روش نظریه است. معلوم است که غربی‌ها در روش پژوهش خود و نه تکنیک پژوهش متفاوت عمل کرده‌اند؛ مثلاً آیا روش «میشل فوکو» در بیان نظریه فرهنگی با روش «دورکیم» یکسان است؟ تازه فوکو از روش تبارشناسی و تحلیل گفتمانی استفاده می‌کند؛ اما با این حال با روش گفتمانی دیگران متفاوت است. اگر ما فقط به شناخت نظریه‌های مدرن بسنده کنیم و مبانی را هم بشناسیم، توانسته‌ایم کار را جلو ببریم.
گام هفتم، نقد روش و جایگزینی روش است؛ مثلاً اگر روش «مازلو» نقد و روش حکم اجتهادی جا‌به‌جا شود، آیا به نتیجه می‌رسد؟
 اما در گام هشتم، کاربست و روش مثلاً حکمی-اجتهادی برای نظریه‌پردازی مطرح می‌شود. در اینجا محققان باید مبانی را مشخص کنند. این مشخص می‌کند که ما باید دنبال کدام اصل باشیم؛ اما فارغ از این مباحث، به 6 نکته راهبردی نیز باید توجه کرد: نکته نخست اینکه تا نظریه‌های اسلامی تولید نشود، تولید نظریه‌های علوم انسانی صورت نمی‌گیرد. نکته دوم آنکه همان‌طور که نظریه‌های مدرن در موضوع واحد یکسان نیستند، نظریه‌های اسلامی در موضوع واحد را نباید انتظار داشت که یکسان باشند. با اینکه مبنای اومانیسم، سکولاریسم و سابجکتیویسم حاکم بر همه نظریات فرهنگی، مدرن است اما یک نظریه شخصیت مدرن، یک نظریه عدالت مدرن است ولو همه آن‌ها زیر چتر سه ایسم باشند. نکته سوم آنکه حاکمیت باید از این نظریه‌ها استفاده کند و هر یک را که ممکن‌المحقق‌تر و کارآمدتر است، به میدان بیاورد. نکته چهارم اینکه باید نظریات در علوم اسلامی را شناسایی کنیم. نکته پنجم اینکه علوم اجتماعی سه فعالیت دارد. بیشتر فعالیت‌های ما در علوم انسانی-اسلامی در ساحت توصیف انسان مطلوب است. در حوزه توصیف انسان محقق کم کار کرده‌ایم. علوم اسلامی-انتزاعی ما بیشتر اسلامی شد اما در رویکرد انضمامی کار کمی انجام داده‌ایم.
فعالیت‌های ساختاری از اهمیت بالایی برخوردار هستند. این ساختارها رفتارها را جهت می‌دهند. ما در این زمینه هیچ کاری انجام نداده‌ایم. پروژه علوم انسانی اسلامی مدیریت جهادی می‌خواهد، جان کندن و استخوان خرد کردن می‌خواهد، خداوند علم را مفت به آدم‌ها نمی‌دهد.
منبع: شبستان