معینی‌پور کارآمدی را مشروعیت ثانویه یک حکومت دانست و گفت: اگر به بیان فقه سیاسی، حجیت الهی یک حکومت و وجوه حاکمیتی حکومت را از جایگاه سلسله طولی ولایت الهی مشروعیت اولیه بدانید یا به ادبیات اندیشه سیاسی غربی، مقبولیت مردمی را مشروعیت اولیه بدانید، کارآمدی را نیز مشروعیت ثانویه هر حکومت تلقی می‌کنید که اگر کارا نباشد، مردم در پی عوض کردن آن بر می‌آیند و لذا در ادوار مختلف تاریخی و قسمت به قسمت تاریخ، این مشروعیت مورد سنجش قرار می‌گیرد.
او بیان این که باید دید حکومت و نظام سیاسی برآمده از انقلاب چه میزان کارآمدی داشته، به اصل سنجش کارآمدی حکومت اسلامی اشاره و تصریح کرد: ما بین جمهوری و انقلاب اسلامی در عین ارتباط رفت و برگشتی، رابطه طولی و تفکیک ظریفی درنظر داریم که انقلاب از زمان بعثت پیامبر شکل گرفته و تا ظهور حضرت حجت؟عج؟ و ایجاد حکومت عدل مهدوی ادامه دارد. 
بواقع این عرصه، عرصه کلان جریان حاکمیت اسلامی است و بین این دو اتفاق، در مقاطع مختلف تاریخی، حکومت‌های شیعی حلول کرده و با ارزش‌های بنیادین انقلاب مهدوی تحول اجتماعی ایجاد می‌کنند.
 معینی‌پور با بیان این که انقلاب اسلامی ایران از جمله انقلاب‌ها در راستای ایجاد تحول اجتماعی است، اظهار کرد: وقتی انقلاب شکل می‌گیرد، نظامی برآمده از مبانی انقلابی ایجاد می‌شود که به آن جمهوری اسلامی می‌گویند. در مقطع انقلاب در  سال‌58 مدل‌های مختلف حکومت از جمله دموکراتیک و سوسیالیستی اسلامی مطرح می‌شد و آن جمله «جمهوری اسلامی، نه یک کلمه بیشتر و نه یک کلمه کمتر» مدل برآمده از انقلاب اسلامی در ایران را به‌خوبی توانست نشان دهد.
 او با بیان این که اگر جمهوری اسلامی ناکارآمدی داشته باشد، این بر چارچوب انقلاب تأثیر دارد، افزود: حضرت امام نیز فرمودند اگر نتوانیم خواسته‌های مردم را برطرف کنیم، مردم ما را عوض می‌کنند و تغییر حکومت شکل می‌گیرد یعنی کسی ضمانت نداده اگر حکومت اسلامی نتواند آرمان‌های انقلابی را جاری و ساری کند همچنان جمهوری اسلامی باقی بماند یا کسی ضمانت نداده که اگر باقی ماند، برآمده از مبانی انقلاب اسلامی باقی مانده است، بلکه ممکن است مدل حکومتی منطقه دیگری مانند پاکستان یا ترکیه را پیدا کند.
 او ادامه داد: آرمان‌های انقلاب در حوزه‌های مختلف همچون تحقق مردم‌سالاری دینی، امنیت، استقلال و ... هستند که این‌ها چارچوب‌های اصلی بوده و هر حکومتی برآمده از هر آرمانی اعم از اینکه در ادبیات مشهور جهان اسلامی یا حکومت انسان با مدل لیبرالیستی و سوسیالیستی باشد، با بحران‌هایی مواجه است که اگر نتواند رفع کند، حکومت و نظام برساخته از آرمان مشکل مبنایی پیدا می‌کند. اگر بحران‌ها رفع نشوند عملاً حکومت دچار تغییر و تحول می‌شود یا درون آن استحاله ایجاد می‌شود، یعنی حکومت هست؛ اما آرمان در آن جریان ندارد و پوسته‌ای از حکومت باقی مانده که در آن اتفاقات غیر آرمانی می‌افتد.
 معینی‌پور با بیان این که بنابراین انقلاب، امر واقع‌شده در دوره تاریخی خاص و تمام‌شده نیست، بلکه در ادوار مختلف تاریخی نوع به نوع آرمان‌ها را جاری می‌کند، عنوان کرد: امروز در درون کشور ما خیلی‌ها این اعتقاد را دارند و جزو نسل مؤسس انقلاب و مباشر تغییر اجتماعی بوده‌اند که حکومت جدیدی را ایجاد کرده‌اند و قائل‌اند به این که دوره انقلاب به پایان رسیده و امروز باید این حکومت را در بستر زندگی جهانی حفظ کنیم.
 او به برخی از بحران‌های نظام سیاسی که امروز دولت‌ها با آن‌ها مواجهند اشاره و ابراز کرد: یکی از بحران‌های یک نظام سیاسی که جمهوری اسلامی هم با آن مواجه می‌باشد، بحران هویت است. هویت آن چیزی است که تشخیص یک حکومت نسبت‌به حکومت‌های دیگر را ممکن می‌کند و حد اختلاف بین جامعه‌هاست. شاکله وجودی یک حکومت را هویت معلوم می‌کند و اگر مرزهای هویتی تخلیط شود، بحران هویتی شکل می‌گیرد.
 معینی‌پور با بیان این که هر حکومتی نیاز به توجیه حکم حاکم دارد، افزود: مردم باید بدانند چرا باید حکم حاکم را رعایت کنند و قوانین برایشان الزام‌آور است. 
در ادوار مختلف تاریخی جمهوری اسلامی با بحران هویت و مشروعیت برخورد داشته‌ایم و از سال‌58 درباره اصل مشروعیت نظام مناقشاتی تا به امروز داشتیم که این بحران همواره گریبانگیر ما هم هست؛ اما این بحران‌ها در ادوار تاریخی انقلاب نتوانسته مردم را از نظام امامت و حکومت مشروع ولی فقیه در دوره غیبت دور کند. او افزود: در ادوار مختلف تاریخی به بحران هویت دچار بوده‌ایم؛ همانطور که پیش از جنگ نیز بحران هویت درباره «چیستی نظام» وجود داشت که این بحران هویت مرزهایش معلوم نبود و از جمله ویژگی‌های انقلاب امام؟ره؟ این بود که در سال‌58 مرزها را با جریان تفکر مارکسیستی مشخص کردند. 
پس از آن نیز بحران مشروعیت در دوره‌های مختلف مشخص‌تر شد، تا آنجا که وقتی از دوره جنگ وارد دوره سازندگی و اصلاحات شدیم، این بحران هویت روز‌به‌روز در میان مردم برجسته‌تر شد.
معینی‌پور با بیان این که وقتی صحبت از جامعه مدنی، توسعه سیاسی و اقتصادی و بحث رفاه به میان آمد، عملاً بحث مشروعیت و هویت دستخوش انحراف و تخلیط شد، اظهار کرد: وقتی از آزادی صحبت می‌کنید باید از مشروعیت نیز سخن بگویید و این ادوار تاریخی نشان می‌دهد، همچنان همه با این بحران مشروعیت و هویت درگیر هستند. 
این بحران مشروعیت و هویت حتی به سراغ کسانی رفته که معتقد به انقلاب‌اند و زیست مؤمنانه انقلابی داشته‌اند. در حقیقت این‌گونه افراد نیز چون ناکامی‌های اقتصادی و اجتماعی را دیدند به‌خوبی می‌دانند که نخستین مسأله همین بحران مشروعیت و هویت است که به سراغ آنان آمده و اینطور القا می‌کنند که نکند مکتب دیگری می‌توانست حکومت دیگری را ایجاد کند و مشکلات را به‌نحو بهتری رفع کند. این جریان می‌گوید ما اشتباه کردیم و پشیمان است.
 لذا برای همه ما این جریان، جدی است.
 معینی‌پور گفت: مقایسه وضعیت امروز جمهوری اسلامی در 40‌سالگی انقلاب با وضعیت کشورهای پیشرفته و همتراز خود در 40سالگی برای تعیین کارآمدی یک اصل ضروری است. البته این نباید موجب توقف ما شود، انقلاب‌های چین و فرانسه را باید در موقعیت 40‌سالگی ارزیابی کرد و این مقایسه از جمله ویژگی‌ها و شاخص‌ها در حوزه کارآمدی است. 
معینی‌پور با اشاره به ضرورت مقایسه وضع موجود نظام جمهوری اسلامی از حیث مکتب، ارزش، ایدئولوژی، قدرت نظامی و امنیت با وضعیت پیش از انقلاب افزود: باید دستاوردهای داخلی را در حوزه ایدئولوژیک، اقتصادی، اجتماعی، نظامی و دینی و فرهنگی به همراه دستاوردهای خارجی شامل استقلال و دگرگونی در حوزه‌های مختلف را تحلیل کنید و بدانید که این بازاندیشی تاریخی و رویش‌ها از نقاط کارآمدی نظام جمهوری اسلامی است.