عالم انقلابی
حضور در مدرسه حقانی، یکی از فعالیت‌های مهم آیتالله مصباح یزدی در پیش از انقلاب اسلامی بود. مدتی کوتاه پس از تأسیس مدرسه حقانی، شهید بهشتی از آیتالله مصباح یزدی و آیتالله جنتی برای همکاری در اداره این مدرسه دعوت کرد. سابقه این همکاری در واقع به زمانی باز می‌گشت که آنان یک پژوهش مشترک در زمینه حکومت اسلامی را انجام می‌دادند؛ بدین ترتیب و در پی پذیرش مسوولیت مرکز اسلامی هامبورگ توسط شهید بهشتی، این سه مدرس حوزه علمیه قم، عملا کار تربیت طلاب مدرسه حقانی را بر عهده گرفتند.
سیاسی بودن فضای این مدرسه به رغم تقیه‌ای که شهید قدوسی داشت، سبب شد تا شاگردان این مدرسه به سمت سیاست کشیده شده و از فتنه آن دوران و جریان‌های منحرف بی‌نصیب نمانند؛ حتی مواردی از پیوستن آنان به سازمان مجاهدین خلق(منافقین) و گروهک‌های مارکسیست نیز وجود داشت.
مخالفت با خشونت، مبارزه با التقاط
با این حال ورود افکار التقاطی به این مجموعه علمی، عکس‌العمل‌های چالش‌برانگیزی را از سوی مدرسان آن به‌دنبال داشت. آیتالله مصباح یزدی در جریان مبارزه با هرگونه همکاری با گروه‌های غیر‌اسلامی و التقاطی مخالف بود. این دیدگاه، در آن شرایط که فشار اختناق، مبارزه را به صورت یک هدف در آورده بود، باعث موضع‌گیری‌هایی علیه او می‌شد. بنابراین آیتالله مصباح برخلاف آنچه که در تبلیغات رسانه‌ای جریانات منحرف پس از سال76 به‌عنوان «تئوریسین خشونت در باند حقانی» معرفی می‌شد، از قضا مخالف هرگونه همراهی با گروه‌های ماالتقاطی بود.
مبارزه فکری آیتالله مصباح با گروه‌های خشونت‌طلبی نظیر مجاهدین خلق و دیگر گروه‌های التقاطی به حدی بود که باعث شد تا بعدها آن مرحوم به گرایشات فکری انجمن حجتیه که تشکیل حکومت اسلامی پیش از ظهور را توصیه نمی‌کند، متهم شود؛ اتهام دروغی که حتی افرادی نظیر عمادالدین باقی آن را به صراحت رد کردند. با این حال، فضای کلی مدرسه حقانی به‌گونه‌ای بود که آیتالله مصباح برای جلوگیری از تیرگی بیشتر روابط در این مدرسه، با صرف نظر از فعالیت در آن، «موسسه در راه حق» را تأسیس کرد.
همکاری در انتشار نشریه بعثت و راه‌اندازی نشریه انتقام از جمله دیگر فعالیت‌های سیاسی آیتالله مصباح‌یزدی در مبارزه با رژیم پهلوی بود. نخستین شماره نشریه بعثت به‌عنوان ارگان داخلی حوزه علمیه قم در آذرماه سال42 دقیقا در سالی که نهضت انقلابی امام خمینی آغاز گشت، منتشر شد و آیتالله مصباح یزدی یکی از نویسندگان مطالب این نشریه بود. نشریه انتقام نیز از تاریخ 29آذر سال43 به‌عنوان دومین نشریه مخفی طلاب حوزه علمیه، به وسیله آیتالله مصباح یزدی آغاز به کار کرد و در مجموع تا 15مهر سال44، هشت شماره از آن منتشر شد.
حضور در مناظره‌های تلویزیونی
تلاش برای مبارزه با جریان‌های التقاطی پس از انقلاب اسلامی نیز از سوی آیتالله مصباح دنبال شد. با این حال، آوازه شهرت آیتالله مصباح پس از انقلاب در جریان حضور او در مناظره‌های ایدئولوژیک تلویزیونی، گسترده شد. تبلیغات جریان‌های سیاسی مختلف در ماه‌های ابتدایی انقلاب به قدری جدی بود که نمایندگان فکری آنان در جلسات متعددی از طریق تلویزیون به دفاع از آراء و تئوری‌های سازمان‌های خود می‌پرداختند. در سال1360 و چندی پیش از شهادت آیتالله بهشتی، مناظره‌هایی ایدئولوژیک با عنوان «آزادی، هرج و مرج، زورمداری» از سیمای جمهوری اسلامی ایران پخش می‌شد که یک طرف آن نورالدین کیانوری و احسان طبری از اعضای ارشد حزب توده و نیز فرخ نگهدار از اعضای ارشد طیف اکثریت سازمان چریک‌های فدایی خلق و طرف دیگرش آیتالله شهید بهشتی، عبدالکریم سروش و آیتالله مصباح یزدی حضور داشتند. آیتالله مصباح یزدی در سالهای بعد به عضویت شورای‌عالی انقلاب فرهنگی درآمد و سپس به پیشنهاد حضرت امام خمینی، موسسه باقرالعلوم را راه‌اندازی کرد.
عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و مجلس خبرگان رهبری از جمله دیگر فعالیت‌های سیاسی آن مرحوم در سالهای پس از انقلاب بود. حضور آیتالله مصباح در مجلس خبرگان به حدی مؤثر و جدی بود که پس از آنکه ایشان نتوانست همراه مرحوم آیتالله محمد یزدی در انتخابات سال94 از حوزه انتخابیه تهران به خبرگان راه یابد، این توصیف رهبر انقلاب را
در پی آورد: «برخی بزرگان هستند که رأی آوردن و یا رأی نیاوردن، هیچ خللی در شخصیت آن‌ها ایجاد نمی‌کند، آقایان یزدی و مصباح از جمله این افراد هستند که حضور آنان در خبرگان باعث افزایش وزانت این مجلس می‌شود و نبود آن‌ها نیز برای مجلس خبرگان خسارت است.»
ماشین تخریب زنجیره‌ای علیه علامه
به جرأت باید گفت که آیتالله مصباح یزدی از جمله شخصیت‌هایی بود که در سالهای موسوم به دوران اصلاحات، حجم وسیعی از جوسازی‌ها برای تخریب شخصیت وی صورت‌گرفت تا او را از صحنه تأثیر‌گذاری فرهنگی کشور خارج سازد. روشنگری‌های آیتالله مصباح به‌ویژه از تریبون نماز جمعه تهران درباره تبارشناسی اندیشه لیبرال حاکم بر دولت اصلاحات، باعث شد تا سران این جریان به‌طور ویژه کمر به انتساب دروغ‌ها و افتراهای بی‌مایه علیه آن مرحوم ببندند. محور این حملات، ارائه تصویری خشن از آیتالله مصباح و این افترا بود که مصباح ایدئولوگ خشونت در ایران است. اصلاح‌طلبان حتی ریشه نظری برخی وقایع نظیر رویدادهای پاییز سال77 را به ایده‌ها و انگاره‌های آیتالله مصباح مربوط می‌دانستند. این در حالی است که مصباح یزدی پیش و پس از انقلاب، با هرگونه توجیه عمل انتحاری و خشونت‌آمیز برای رسیدن به هدف مخالف بود و چنانچه اشاره شد، زاویه او نسبت به تفکرات و روش مبارزاتی سازمان مجاهدین خلق (منافقین)، از همین اندیشه خشونت‌ستیز نشأت می‌گرفت.
