پس از ارتحال آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی، سحرگاه روز شنبه ۱۳ دی، پیکر وی به بیت مقام‌معظم رهبری انتقال داده شده و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای بر پیکر آن مرحوم اقامه نماز کردند. پیام تسلیت حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی، به مناسبت رحلت آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی بدین شرح است:  
بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و تأثر فراوان خبر درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیت الله آقای حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی را دریافت کردم. این، خسارتی برای حوزه‌علمیه و حوزه معارف اسلامی است.  ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویایی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند.  خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ی دینی و نگارش کتب راه‌گشا، و در تربیت شاگردان ممتاز اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه‌ میدان‌هایی که احساس نیاز به حضور ایشان می‌شد، حقا‌ و انصافا‌ کم‌نظیر است. پارسایی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهدت بلندمدت است. اینجانب که خود سوگوار این برادر قدیمی و عزیز می‌باشم، به خاندان گرامی و فرزندان صالح و دیگر بازماندگان ایشان و نیز به شاگردان و ارادتمندان این معلّم بزرگ و به حوزه علمیه تسلیت عرض می‌کنم و علّو درجات ایشان و مغفرت و رحمت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۳ دی ماه ۱۳۹۹
گفتنی است پس از این مراسم، پیکر علامه مصباح یزدی برای وداع مردم تهران به حرم حضرت عبدالعظیم حسنی منتقل شد. آیت‌الله مصباح یزدی پس از عمری مجاهدت در عرصه‌های فرهنگی و سیاسی، روز جمعه در سن ۸۶ سالگی دعوت حق را لبیک  گفت.