و به تندی به نظام جمهوری اسلامی تاخت. پس از این اتفاق ربنای شجریان از صداوسیما پخش نشد که واکنشی بود به نامه شجریان برای پخش نشدن آثارش. مدتی بعد مشاورانی که دلسوز او و دلباخته هنرش نبودند بالاخره از شجریان فاصله گرفتند. 6سال بعد از این التهابات شجریان اظهارات تند سیاسی و اعتقادی خود را پس گرفت. او در گفتوگوی مطولی با روزنامه ایران در سال95 درباره مواضعش در سال88 تصریح کرد: «در نظام جمهوری اسلامی که همه آن را پذیرفتند، یک آدمی میآید یک کار اشتباهی میکند. ما به او تذکر میدهیم. این تذکر دلیل آن نیست که با نظام جمهوریت مخالفیم. این آدم اشتباهی کرده و دروغی گفته است به او تذکری میدهیم. یا وقتی به یک نفر میگوییم تو حق توهین کردن به مردم را نداری این درافتادن با کل نظام نیست. عدهای میخواهند سوءاستفاده کنند که چون این شخص به وزیر یا رییسجمهوری گفته این کار را اشتباه انجام دادی، پس این آدم با اصل جمهوری مخالف است که این ستم است.» اما طرفداران سیاسی این تغییر نظر شجریان را دوست ندارند و قبول نمیکنند. تا جایی که حتی سهمخواهی از شجریان به جسم بیمار او کشیده شد و در یکی از دفعات بستری شدن شجریان در بیمارستان برخی از این هواداران مقابل بیمارستان تجمع کرده و پزشکان او را به دروغگویی متهم کردند. هنوز هم عدهای با حذف جهتدار پرتره کامل شجریان در حوزه سیاسی تلاش میکنند تا او را مصادره به مطلوب کنند و اجازه ندهند تصویر او از قابی که مشاوران سیاسیکار در سال88 از او ساختند، خارج شود. او در ادامه صحبتش با ایران اضافه میکند: «چندین سال پیش از این نیز کنسرتی در شهر استکهلم با گروه عارف به سرپرستی زنده یاد پرویز مشکاتیان داشتیم به محض حضور ما در صحنه گروهی شروع کردند به شعار دادن، تا نشستیم دیدیم از این طرف و آن طرف شعارهایی بر ضد جمهوری اسلامی سردادند.... بعداً معلوم شد برگزارکننده خودش با اینها دستش یکی بوده که من پشت صحنه آمدم هرچه توانستم به او گفتم. بهدلیل همین اخلال در این کنسرت، سه کنسرت دیگر را اصلاً برگزار نکردیم. کلی هم شخص خودم ضرر و زیان برای کنسرتها دادم، مخارج و پول سالن هم افتاد گردن من و همه را پرداخت کردم. هیچکس نیست که بگوید آفرین شجریان که این کارها را کردی! من نمیخواستم کار سیاسی بکنم. ما از سیاست به دور هستیم اما عدهای کار سیاسی میکنند و برنامه ما را به هم میزنند.» این خواننده پرآوازه موسیقی سنتی ایران پنجشنبه شب پس از سالها بیماری از دنیا رفت. همایون شجریان فرزند او در جمع هواداران پدرش، مخالفت خود را با تبدیل شدن مراسم ایشان به کارزار سیاسی عنوان کرد. پیکر او در شهر طوس امروز به خاک سپرده خواهد شد.